Los Centros CIFAL tienen unos órganos de gestión estructurada dentro de los criterios exigidos para formar parte de la Red de Centros CIFAL.
El órgano más importante es el Consejo de Representantes en el que se establece la toma de decisiones que afectarán al funcionamiento y gestión de CIFAL Madrid.
El alto representante del Consejo es el presidente de CIFAL Madrid y del RACE, Carmelo Sanz de Barros, y Nikhil Seth, como director ejecutivo de UNITAR y Subsecretario General de las Naciones Unidas. Forman parte del consejo miembros de la FIA; de distintos ministerios del Gobierno de España; asociaciones representativas del sector del automóvil, así como los máximos responsables de las empresas Global Partner que participen en el proyecto de formación de CIFAL Madrid. La pertenencia a este Consejo no está remunerada.
De la gestión y el día a día se encarga el Director del Centro, Ignacio Fernández.
Y por último, CIFAL Madrid cuenta con un Consejo Asesor, a través de cual: